一、审核目的不同
1、第一阶段审核的审核目的有：
A、验证组织环境管理体系的策划是否有效，以决定是否具备开展第二阶段
 

2、审核的条件；
B、了解组织的基本情况，确定第二阶段审核的重点，为编制第二阶段审核
 

3、计划做准备；
4、第二阶段审核的审核目的：验证组织的环境管理体系是否按照策划来实施，实施是否有效，是否符合ISO14001标准的要求，以决定是否向CQC推荐认证注册。
 

二、审核的内容不同
1、第一阶段审核的内容：
A、文件审核：审核组织的环境管理体系文件与ISO14001标准和法律法规的符合性；
 

B、法律法规符合性的审核：审核组织的法律法规符合性资料，主要有环境影响评价报告、三同时竣工验收报告、当地环保部门出具的未受环保行政处罚的证明（体系运行期间）、水气声监测报告（有CMA计量认可标志的最新的监测报告）、排污许可证等；
C、环境因素识别和重要环境因素评价有效性的初步评价：主要通过现场调查确认组织是否遗漏了重要环境因素；
D、内审有效性的初步审核：所有部门和要素都至少审核过一遍，不符合都制订了纠正措施等；
E、确认是否进行了管理评审：请组织提供管理评审报告即可；
F、确认组织所有的重要环境因素都有相应的控制措施加以控制，并初步了解控制措施的基本情况（如控制方法、控制效果等）
G、初步确定审核范围；
H、审核组长认为应该增加的审核内容。

2、第二阶段审核的内容：第二阶段审核开展的前提条件是第一阶段审核所出具的不符合项都已制订纠正措施且实施有效后方可进行。验证公司所建立和保持的环境管理体系与ISO14001标准的符合性。
 

三、审核涉及的部门不同
1、第一阶段审核涉及的部门：
A、总经理或管理者代表：环境管理体系总体策划情况（策划的过程、方式和组织的基本情况），内审开展的情况和管理评审是否进行。
B、现场调查，包括生产现场、仓库（包括化学品仓库）
、锅炉房、污水处理站、废气控制装置等：了解组织的基本情况，确认是否有重要环境因素遗漏及重要环境因素的控制措施；确认第二阶段审核的重点等；

C、体系策划具体的管理部门，如ISO14001推进委员会等：文件审核，环境因素识别和重要环境因素评价有效性的初步评价，法律法规符合性审核